本神社以招魂社名，設立於1936年。於1939年改稱護國神社。1940年7月由內務大臣指定為護國神社，並升格為縣級神社。
神社內祭祀著從甲午、日俄戰爭到第二次大戰時沖繩縣出身的軍人軍屬，以及於沖繩戰役中一般住民與日本本土出身的犧牲者。
1940年那霸市為了慶祝日本天皇紀元兩千六百年，計畫了擴建護國神社的社殿與設施為其主要事業。1941年9月完成了本殿的整修工程，同時也建立了拜殿與神饌所等設施。
但是，在1945年的沖繩戰役中，神社遭到戰火的破壞，戰後僅剩本殿與其它一部分的設施。
1959年4月建立臨時社殿，6年後1965年遷移至現在的社殿。
1972年5月沖繩復歸日本之際，向沖繩縣政府申請宗教法人認証，翌年1973年12月28日得到宗教法人沖繩縣護國神社的認證。