护国神社作为招魂社建于1936年。1939年改称护国神社。1940年7月成为内务大臣指定护国神社，升格为县级神社。
这里主要祭祀着从甲午日俄战争到第二次世界大战冲绳战役中牺牲的冲绳出身者的亡灵。
1940年作为那霸市庆祝日本天皇纪元2600年的主要事业，对护国神社的社殿等设施进行扩建，1941年9月社殿的改修工程完工，同时还增建了拜殿和神馔所。
然而，在1945年的冲绳战中，神社遭受了战火的破坏，仅存留下本殿及一部分设施。
1959年4月临时社殿建成，6年后的1965年正式迁至现在的社殿。
1972年5月冲绳回归日本为契机，神社向冲绳县提交宗教法人申请，于1973年12月28日正式成为宗教法人冲绳县护国神社。