创建年份不明，据传约建于14世纪。位于瞻望那霸港的高台崖端，因其是向大海彼方的神灵献上祈祷的圣地而著名。
琉球王国时代，那霸港曾经是与亚洲各国频繁往来的贸易港，每年的正月，国王会亲临这里列队参拜，祈愿航船平安和国家的安泰繁荣。由此，这里被尊崇为琉球第一神社。
1945年，波之上宫在冲绳战中遭受破坏。在来自夏威夷以及日本本土的冲绳移民的募捐下，从1952年起，历经10年的重建活动得以复原。